| Translations Blog |

PNG Clipart

EXPANDER

Перевод статьи - EXPANDER (EXpression Analyzer и DisplayER)

Автор(ы) - Рон Шамир (Ron Shamir)

Источник оригинальной статьи:

http://www.cs.tau.ac.il/~rshamir/expander/expander.html

EXPANDER (EXpression Analyzer и DisplayER) - это основанный на Java инструмент для анализа экспрессии генов и данных NGS. Он плавно объединяет в одном пакете все этапы анализа, в том числе:
  • Предварительная обработка и нормализация данных
  • "Идентификация дифференциальных генов (включая методы, подходящие для анализа данных NGS)
  • Кластеризация и бикластеризация;
  • Последующий анализ обогащения: 
    - GO функциональные категории 
    - сайты связывания TF в промоторных регионах 
    - сайты микроРНК в 3'-UTR и 
    - Биологические пути и 
    - хромосомные локации
  • Сетевой анализ данных экспрессии.

EXPANDER обеспечивает поддержку для анализа человека, мыши, крысы, курицы, мухи, рыбок данио, C. elegans, S. cerevisiae, S. pombe, arabidopsis, томата, риса, листерии, A. fumigatus и E. coli. 

У Expander более 18 000 загрузок и 543 ссылок с мая 2003 года. 

Expander работает на платформах Windows и Linux. Несколько из алгоритмов, включенных в него, также доступны в автономных версиях со страницы загрузки.

Новости и заметки

Основные особенности Expander 7:

 

* Нажмите здесь, чтобы просмотреть историю версий.

 

Люди, стоящие за EXPANDER:

Экспандер разработан в Лаборатории вычислительной геномики профессора Рона Шамира в Школе компьютерных наук, а также в группе Рани Элкона Механизмы генной регуляции на медицинском факультете Тель-Авивского университета, Израиль. Это часть постоянных усилий по разработке аналитически обоснованных и практических инструментов для комплексного анализа экспрессии генов и других высокопроизводительных геномных данных. В разработке EXPANDER приняли участие следующие люди:

Связаться с нами