EXPANDER

Перевод статьи - EXPANDER (EXpression Analyzer и DisplayER)

Автор(ы) - Рон Шамир (Ron Shamir)

Источник оригинальной статьи:

http://www.cs.tau.ac.il/~rshamir/expander/expander.html

EXPANDER (EXpression Analyzer и DisplayER) - это основанный на Java инструмент для анализа экспрессии генов и данных NGS. Он плавно объединяет в одном пакете все этапы анализа, в том числе:

Предварительная обработка и нормализация данных
"Идентификация дифференциальных генов (включая методы, подходящие для анализа данных NGS)
Кластеризация и бикластеризация;
Последующий анализ обогащения:
- GO функциональные категории
- сайты связывания TF в промоторных регионах
- сайты микроРНК в 3'-UTR и
- Биологические пути и
- хромосомные локации
Сетевой анализ данных экспрессии.

EXPANDER обеспечивает поддержку для анализа человека, мыши, крысы, курицы, мухи, рыбок данио, C. elegans, S. cerevisiae, S. pombe, arabidopsis, томата, риса, листерии, A. fumigatus и E. coli.

У Expander более 18 000 загрузок и 543 ссылок с мая 2003 года.

Expander работает на платформах Windows и Linux. Несколько из алгоритмов, включенных в него, также доступны в автономных версиях со страницы загрузки.

Новости и заметки

Октябрь 2017: доступна версия Expander 7.2 для скачивания
Версия включает в себя обновленную базу данных для большинства организмов, включая человека, мышь и крысу, поддержку JASPAR PWMs в Prima и Amadeus, а также улучшенную визуализацию с пояснениями по вычисленным значениям p. Проверьте это!
Май 2016: «Основные инструменты для вычислительной геномики - первые шаги с EXPANDER»
Учебное пособие Тома Хейта для серии семинаров TAU по биоинформатике 2015-16 , понедельник, 23 мая 2016 года, 10: 00-14: 00, здание Шермана, комната 09. Регистрация бесплатна, но обязательна: нажмите здесь
Апрель 2016: доступна версия для скачивания Expander 7.11
Версия включает в себя пункт меню «ChIP-Seq Analysis» для выполнения всех связанных с ChIP-Seq анализов в Expander, возможность извлекать последовательности пиков ChIP-Seq и выполнять по ним поиск AMADEUS-мотивов, улучшенную визуализацию Expander и дополнительную опцию ранжирования в GSEA. Проверьте это!
Январь 2016: доступна версия Expander 7.1
Версия включает полную визуализацию AMADEUS для анализа мотивов, опцию DESeq2 для анализа дифференциальной экспрессии данных подсчета RNA-Seq и незначительных изменений в GSEA. Проверьте это!
Октябрь 2015: доступна дополнительная версия Expander 7.01
Версия включает в себя улучшенную визуализацию и исправление ошибки в GSEA, улучшенный порядок упорядочения условий предварительной обработки и улучшенный тест дифференциальных выражений RankSum. Проверьте это!
Октябрь 2015: семинар по экспандерам в Генте, Бельгия
29 октября 2015 года в Департаменте биологии систем растений, VIB, Гент, Бельгия, состоится семинар по использованию Expander. Семинар будет проводить доктор Орен Цфадиа.
Май 2015: доступна версия 7 Expander
Версия включает в себя поддержку анализа данных ChIP-Seq, поддержку одновременного анализа более одного набора данных, улучшенную визуализацию сети с использованием Cytoscape. Проверьте это!
Август 2014 года: доступна для скачивания дополнительная версия Expander 6.5
Версия включает в себя улучшенную поддержку анализа данных NGS, улучшенную визуализацию тепловых карт, инструмент очистки после кластеризации и улучшенную версию процедуры функционального анализа Tango. Проверьте это!
Апрель 2014 года: «Передовые инструменты вычислительной геномики: анализ сети и регулирование генов»
Семинар, на котором будут представлены различные инструменты сетевого анализа и генного регулирования, будет проведен в рамках серии семинаров TAU по биоинформатике 2013-14 , во вторник 8 апреля 2014 года, 10: 15-13: 00, здание Шермана, комната 09. Регистрация бесплатна, но обязательна и открыта до 17.3.14: нажмите здесь

Март 2014: «Основные инструменты для вычислительной геномики - первые шаги с EXPANDER»
Учебник Ади Марон-Каца для серии семинаров TAU по биоинформатике 2013-14 , во вторник, 18 марта 2014 года, 10: 15-13: 00, здание Шермана, комната 09. Регистрация бесплатна, но обязательна и открыта до 17.3.14: нажмите здесь

Январь 2014 года: доступна для скачивания дополнительная версия Expander 6.3
Версия включает в себя несколько улучшений в анализе GSEA и возможность сохранять все результаты анализа в текстовые файлы и рисунки одновременно
Ноябрь 2013 года: доступна для скачивания дополнительная версия Expander 6.2
Среди новых функций в версии 6.2: анализ обогащения генных наборов (GSEA) и интеграция программного обеспечения AMADEUS для обнаружения мотивов
Июнь 2013 г .: доступна для скачивания дополнительная версия Expander 6.1 вместе с современными файлами данных, специфичными для организмов.
Среди новых функций в версии 6.1: анализ обогащения на основе Wiki-путей, автоматическая установка необходимых R-сценариев и возможность загрузки нескольких меток для экспериментальных аннотаций условий.
19 мая 2013 г .: Expander вручает мастерскую
Продвинутые инструменты из лаборатории Шамира для анализа микрочипов, цис-регуляции и сигнальных путей. ТАУ Отдел биоинформатики.
Некоторые из наших инструментов теперь доступны для загрузки в пакетном режиме (см. Страницу загрузки)
Январь 2013 г .: доступна для скачивания дополнительная версия Expander 6.06 вместе с последними файлами данных, специфичными для организмов.
Среди новых функций в версии 6.06: обновленные данные организма для всех поддерживаемых видов, недавно добавленные файлы cdf для упрощения предварительной обработки файла cel и улучшенная схема окраски для гистограмм обогащения
22 апреля 2012: Expander вручает семинар
Продвинутые инструменты из лаборатории Шамира для анализа микрочипов, цис-регуляции и сигнальных путей. ТАУ Отдел биоинформатики.
Декабрь 2011: доступна версия Expander 6.0
Среди новых функций в версии 6: алгоритм Degas для кластеризации на основе сети, алгоритм ISA для би-кластеризации, иерархическое разделение дерева кластеризации и поддержка данных сходства. Проверьте это!
4 июля 2011: Expander вручает семинар
Продвинутые инструменты из лаборатории Шамира для анализа микрочипов, цис-регуляции и сигнальных путей . Бар-Иланский отдел биоинформатики.
12 апреля 2011: Expander вручает семинар
Продвинутые инструменты из лаборатории Шамира для анализа микрочипов, цис-регуляции и сигнальных путей. ТАУ Отдел биоинформатики.
31 марта 2011: добавлена поддержка анализа данных риса с выпуском subversion 5.2.3
Май 2010: нужен программист
Мы ищем Java Pro, чтобы присоединиться к команде разработчиков Expander. подробности
Январь 2010: опубликован протокол расширителя:
Улицкий и соавт. Nature Protocols Vol 5, стр. 303 - 322, 2010.

Основные особенности Expander 7:

Обновленная база данных для большинства организмов
Полная визуализация AMADEUS
Инструмент DESeq2 для проведения анализа дифференциальной экспрессии на данных RNA-Seq
Поддержка анализа данных ChIP-Seq
Поддержка одновременного анализа более одного набора данных (один и тот же организм)
Добавление интерфейса Cytoscape для улучшения визуализации сети
Улучшена визуализация GSEA

* Нажмите здесь, чтобы просмотреть историю версий.

Люди, стоящие за EXPANDER:

Экспандер разработан в Лаборатории вычислительной геномики профессора Рона Шамира в Школе компьютерных наук, а также в группе Рани Элкона Механизмы генной регуляции на медицинском факультете Тель-Авивского университета, Израиль. Это часть постоянных усилий по разработке аналитически обоснованных и практических инструментов для комплексного анализа экспрессии генов и других высокопроизводительных геномных данных. В разработке EXPANDER приняли участие следующие люди:

Связаться с нами